新竹原為道卡斯族竹塹社的所在地[3]:102，故名為竹塹。光緒元年（1875年）分淡水廳為淡水縣、新竹縣與基隆廳，同時竹塹改稱新竹[4]:148。新竹於康熙二十三年（1684年）劃屬諸羅縣，三十年（1691年）由泉州人王世傑率領數百人來此開發[4]:148。雍正元年（1723年）改隸新成立的彰化縣。九年（1731年）改隸新成立的淡水廳，十一年（1733年）成為廳治所在。光緒元年（1875年）設立台北府，改隸新成立的新竹縣。十一年（1885年）設立福建臺灣省。明治二十八年（1895年）台灣進入日治時期，新竹劃屬於臺北縣新竹支廳竹北一堡[4]:148。三十年（1897年）改隸新竹縣。三十一年（1898年）廢除新竹縣，改隸台北縣新竹辨務署。三十四年（1901年）廢縣置廳，改隸新竹廳。四十二年（1909年）廢除竹北一堡，劃歸於新竹區。大正九年（1920年）廢廳置州，廢除新竹區，改隸新竹州新竹街[4]:148。昭和五年（1930年）升為新竹市[4]:148。十六年（1941年）香山庄與部分舊港莊和六家莊併入新竹市。1945年台灣光復，新竹劃屬於台灣省新竹市。1946年新竹縣竹東區竹東鎮與寶山鄉併入新竹市，成為竹東區與寶山區。1950年新竹縣分拆出桃園縣與苗栗縣，新竹市劃屬新竹縣新竹市[4]:148，同時自新竹市分出竹東區、寶山區與香山區，改制為新竹縣竹東鎮、寶山鄉與香山鄉。1982年新竹市與新竹縣之香山鄉合併，同時重新升格為台灣省新竹市。[4]:148
明鄭時期
新竹古名竹塹（臺灣話：Tik-tshàm）。1626年西班牙統治北台灣後，曾有西班牙傳教士行至此地。新竹地區的開發要追溯到1661年鄭成功自金門揮兵、經過澎湖，向支配臺灣島的荷蘭東印度公司進軍，取得統治權後，大量的漢人來臺開墾，入台令部屬屯墾算起，主要屯田蓬山、後壠地區，勢力廣及竹塹。隸屬天興縣，並置通事管理竹塹番社。
清治時期（竹塹城）
1683年臺灣併入清朝版圖，竹塹改屬諸羅縣。1691年福建泉州王世傑獲准帶領親族180餘人和福建銀同同鄉以暗街仔為中心向市區發展，同時向竹塹社族人取得土地墾植，廣興水利開發良田，形成閩南人移民聚落。而粵籍徐立鵬於1725年帶領族人進入關西、竹東、新豐等郊區墾殖，形成客家移民聚落。
1723年（雍正元年）配合北臺灣的開發臺灣府在彰化成立淡防廳負責管理虎尾溪以北區域的海防與治安，並在1731年時將原本是分防廳等級的淡防廳升格成為散廳，由淡水廳同知負責管理大甲溪以北的所有地方事務[5]。1733年淡水廳治從彰化沙轆（今沙鹿區）移到竹塹，並以莿竹建城，成為北臺灣政經文化教育的中心，即竹塹城[6]。道光6年（1826年）李慎彝擔任擔任淡水同知，擘劃北臺灣第1城政經中心，且竹塹開台進士鄭用錫等人奏請興建竹塹城獲准，於1827年興工改以磚石建造城牆與4座城樓。
1875年臺灣道分設二府，大甲以北設臺北府，淡水廳被分為臺北縣、新竹縣和基隆廳；竹塹從此改稱新竹並成為新竹縣縣城。1887年臺灣建省，並分三府，新竹縣南側改屬臺灣府苗栗縣。
日治時期
1895年乙未戰爭中新竹成為抵抗日軍接收北台灣的重要據點。戰後總督府將福建臺灣省的3府1州改為3縣（臺灣府改為臺中縣，臺東直隸州降級歸臺南縣管轄），原府下轄的縣改為縣轄的支廳；臺北府新竹縣因此改為臺北縣新竹支廳管理，轄區約為今之新竹縣市與桃園市南側、苗栗縣北側。1897年新竹支廳升格為新竹縣，並擴大南側的轄區至今之苗栗縣南側，下轄數個辨務署，其中新竹辨務署的轄區已與今之新竹市差不多，並多管轄今竹北除了舊港（原稱竹塹港，竹北沿海）一帶。隔年新竹縣被廢，今之苗栗縣中南側地區併入臺中縣管理，其餘歸臺北縣所轄；而新竹辨務署轄區南擴大到臺中臺北2縣縣界和今之新竹縣（不含湖口新豐新埔關西）。隔年全台辨務署整併，新竹辨務署併入今湖口、新豐、新埔等地區。
1901年廢縣置廳，基本上原辨務署直接變成一級的廳，新竹辨務署改為新竹廳，轄區不變。1909年苗栗廳廢廳，被併入新竹廳及臺中廳，新竹廳範圍擴大到約今之苗栗縣與新竹縣市；今之新竹市範圍約為新竹廳直轄（不設支廳地區）的新竹區（約今之東南西北四大路圍起來的地方）、樹林頭區（今北區和東區）、香山區。1920年廢廳置州，合併新竹廳、桃園廳為「新竹州」，州治設於新竹郡新竹街，新竹郡郡治亦設於新竹街；新竹街之範圍約為今之北區、東區不含南寮地區。1930年1月新竹街升格為新竹市，自新竹郡分出，置市役所，仍為州廳和郡役所之所在地。1941年合併香山庄全部及舊港、六家庄之一部分，擴大行政區域，下設25個區會協助推行市政。
中華民國時期
二戰結束日本戰敗後，中華民國國民政府將新竹州改為臺灣省新竹縣，並接收新竹市役所，改為新竹市政府，隸屬於接管委員會，將原日治時期所設25區改為9區，同時接收原新竹州各郡役所。1945年10月30日改為台灣省轄市，新竹縣縣治則改至桃園鎮，新竹市政府遷入原州廳辦公室；1946年將原轄的9區整併東、西、南、北、香山等5區，總面積約101平方公里，由於由日治州轄市改制的省轄市比起當時中華民國其他省份的省轄市，規模與人口都不足，因此同年將新竹縣竹東區的竹東鎮與寶山鄉併入新竹市成為竹東區和寶山區，總面積約209平方公里，為當時全台9個省轄市中面積僅次屏東市第2大，人口約120,000人則為第4多，人口密度則位列第6。
1950年底實施地方自治，台灣省行政區劃重劃，新竹縣改劃分為桃園縣、新竹縣、苗栗縣等3縣，新竹縣、市合併，新竹市降為縣轄市，並將竹東、寶山、香山等3區自新竹市析出，改制為竹東鎮、寶山鄉、香山鄉，隸屬新竹縣，此時新竹市總面積約49平方公里。原新竹市政府辦公處改為新竹縣政府辦公處，新竹市公所址則置於中正路原東區區公所，1955年夏遷入林森路原縣立中學辦公。
1982年7月1日新竹市與新竹縣之香山鄉合併，再次升格為省轄市，並成立新竹市政府，初不設]，1990年11月1日，將市區劃分為東、北、香山等3區並置區公所，正式分區治事。
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